長期吃六味地黃丸首先是腸胃有很大的副作用，六味地黃丸比較注重陰補，如果長期服用，不僅無法很好地發揮其藥效，而且還會在一定程度上出現一些胃病，不利于腸胃消化。而且長期服用此藥，會加重身體濕熱的癥狀，會出現口干舌燥，嚴重者會出現口腔潰瘍等疾病，如果有陽虛癥狀的人長期服用六味地黃丸，會加重其病癥，所以，最好要長期服用六味地黃丸。
　　雖然兩者都是治療腎陰虛的藥物，但是兩者針對的體質是不一樣的。知柏地黃丸簡單的說治療的是愛上火的患者，具有清熱功效。像是口干舌燥，身體發熱等癥狀都可以服用此藥。而六味地黃丸也可以醫治陰虛，其更加注重補腎，像是一些腰酸背痛的癥狀可以服用此藥。總之，兩者雖然大體上的作用大體相同，但是腎虛者一定要知道自己的體質或者具體的病癥再對癥下藥。
　　經常服用六味地黃丸主要是補腎陰虛，對于治療手足出汗、經常失眠等疾病有很大的作用。六味地黃丸還可以治療過敏性鼻炎，減少鼻炎復發的次數。還可以治療男子的不孕不育癥。也有預防食道癌的功效。但是患者如果長期經常服用六味地黃丸，要小就會減小很多，身體里的病毒也會對此藥產生抗體，因此達不到預期的效果，經常服用此藥還會帶來常會消化不良等副作用。
　　六味地黃丸最好是飯后半個小時在服用，一般的藥物都是飯后服用，因為飯后半個小時未開始消化之前所食用的時候，而在這個時候服用六味地黃丸可以更得促進吸收，幫助藥效的發揮。飯前服用六味地黃丸會刺激胃，不僅不利于藥效的發揮，還會對身體產生一定的副作用。飯最好是清單助消化的，也有利于藥物發揮作用。飯后服用此藥的效果會更好，同時也要注意休息。
　　男人服用六味地黃丸一般可以治療不孕不育癥。六味地黃丸是一位補陰虛的藥物，男人如果是由于腎虛而導致不孕不育，可以服用此藥來緩解此病。而且此藥也可以幫助正常的男人緩解腎虛，也有延緩衰老的功效。而且此藥也可以治療高血壓糖尿病等疾病，男人服用也會有此功效。在服用此藥的同時也一定要注意他的副作用，一有什么異常情況一定要及時去醫院檢查并停止用藥。